重庆市医药科技学校创建于1964年，曾用名"重庆医药工业半工半读中等专业学校"、"重庆市医药技工学校"、"重庆制药职工中等专业学校"，2000年1月经重庆市教育委员会(渝教函[2000]11号文)批准更名为"重庆市医药科技学校"。同年，学校划归重庆市食品药品监督管理局管理，2006年4月经重庆市机构编制委员会(渝编[2006]22号文)批准，纳入重庆市药品监督管理局作为直属的处级事业单位管理